港口是基地的核心设施，直接决定了你能停泊多少飞船。港口分为军事港口和资源港口两种类型，军事港口专门用于停泊战斗类飞船，比如护卫舰、驱逐舰等，资源港口则用于停泊工程船和运输船。每艘飞船都会占据一定的港口容量，所有你生产的飞船容量之和不能超过对应港口的容量上限，否则就会提示港口容量不足而无法生产新飞船或导致舰队无法返回停靠。
港口容量的大小前期会通用港口的升级而逐渐增大，得以容纳更多更大的舰船。刚开始玩的时候，系统会送你几个基础港口，但飞船数量增加，必须及时升级港口设施才能容纳更多飞船。港口等级直接影响停泊上限，每升一级能增加一定数量的停泊位，升级需要消耗金属、晶体等资源。建议优先升级军事港口，因为战斗飞船是保护资源采集的关键，资源港口初期可以保持基础等级，等中期资源充足再逐步提升。
成功解锁蓝图之后并不是就可以随意建造飞船，依然存在许多限制。只有护卫舰和小型工程舰是最开始就可以建造的，要生产更高级的驱逐舰、巡洋舰等，则需要先建造对应的船坞设备，例如要建造巡洋舰就要建设巡洋舰船坞设备。还必须有空闲的港口容量。生产线的多少决定了能同时生产多少艘飞船，通过基地建设可以逐渐解锁更多的生产线。当港口停泊位不足时，新生产的飞船会显示等待停泊状态，这时候要么退役旧飞船腾出位置，要么加速升级港口设施。
在舰队管理界面中可以查看到各个港口内的飞船状态，并能在此对受损飞船进行维修。基地升级维护设备后，受损飞船停泊在基地时会自动维修，无需再手动操作，但维修需要消耗时间和资源。由于舰船维修需要时间，在资源充足或战事紧张的时候，可以考虑直接将受损飞船退役，再重新生产新飞船。在舰队编组中，可以将各类舰船预先编组成舰队，方便在安排指令时快速选择。
有些高级飞船需要特定等级的港口才能停泊，比如航空母舰就需要很高等级的军事港口支持，提前规划港口升级路线很重要。港口管理界面能清晰查看当前所有飞船状态，包括停泊中、维修中和舰队中的分布情况，通过这个界面可以快速编组舰队或调整飞船配置。需撤离或返回基地的舰队，需要及时用工程船引导回城，避免在路上慢慢走而被其他玩家发现基地位置。
