最佳位置应优先考虑自然资源分布，尤其是被矿山或伐木场包围的地块，这类地形能为工业区提供额外生产力加成。沿河流或湖泊建立工业区也是合理选择，因水源不仅满足基础需求，后期还能通过水电站进一步提升产能。需工业区与矿山的相邻数量直接决定其基础加成数值，因此规划时需确保至少两到三个矿山环绕。工业区的选址在文明6中直接影响城市的生产力发展和整体战略布局。
工业区的辐射范围是另一个关键因素。工厂和发电厂的产能加成可覆盖周围6格内的所有城市中心，因此理想布局是将工业区置于多个城市的几何中心位置。这种共享式规划能最大化利用工业区的辐射效应，避免重复建设。德国文明因其汉萨商业区特性更需注重工业区密集布局，通过商业区相邻进一步提升产能。若地形允许，可尝试六边形对称布局，使单个工业区同时服务四到六个城市。
与城市其他功能区的协同效应不容忽视。工业区邻近学院区可形成科研与生产的联动，而靠近商业中心则能加速工业产品流通。娱乐区或水上乐园的相邻布局可抵消工业区带来的宜居度惩罚。特殊情况下，工业区可刻意远离城市中心以规避战争威胁，但需额外规划防御设施。鲁尔山谷奇观必须紧邻工业区且沿河建造，因此需提前预留合适地块。
燃煤电厂会带来环境污染，而可再生能源设施则对地形有特定要求。工业区选址应兼顾未来发电厂的建设条件，丘陵地带更适合风电场，河流附近则适合水电站。在冻土或沙漠等恶劣地形中，工业区应优先选择靠近战略资源的地块，通过贸易路线弥补先天不足。无论何种地形，保持工业区之间适当间距可避免产能过剩或地块浪费。
早期保留森林可提供临时生产力加成，但后期可能阻碍工业区扩建。雨林虽提供粮食但无生产加成，通常建议清除。若选择保留自然地貌，需确保工业区至少与两处矿山相邻以弥补缺失的伐木场加成。工业区作为关键经济设施，应避免直接暴露在边境地带。在山脉或河流形成的天然屏障后方建设工业区集群是较稳妥方案。若处平原开阔地带，则需配套建设军事驻地或城墙体系。
